あなたがふと目を覚ますと、目の前にいたのは１匹のポケモン。 しかもなぜか言葉が通じます。よく見るとあなた自身がポケモンになっていたのでした。昨日までは人間だったのに、どうして突然ポケモンになってしまったのか、その謎は冒険を進めていくと明らかに・・・。 あなたが飛び込んだ世界、そこは人間が一人もいないポケモンだけの世界でした。この世界では、近年なぜか自然災害が急増し、ポケモンたちを苦しめています。パートナーのポケモンにバトルの腕を見込まれたあなたは、困っているポケモンたちを救う「救助隊」を結成することになりました。 ポケモンたちを助けるために、あなたとパートナーは、入るたびに地形が変わる「不思議のダンジョン」と呼ばれる場所を冒険していくことになります。ダンジョンの中には、たくさんのポケモンが住んでおり、攻撃を仕掛けてきます。ダンジョン内では、自分が１回行動すると相手のポケモンも１回行動をするという、「ターン制」というルールで進んでいきます。あせって行動すると思わぬピンチを招くこともあります。相手のポケモンの動きをよく考え、様々なわざやどうぐを駆使し、冷静に行動することが、ダンジョン攻略のカギです。 ポケモンたちから様々な依頼を受け、「不思議のダンジョン」を冒険するのですが、そんな冒険の強い味方となるのが、あなたが暮らす「ポケモンひろば」の住人たちです。ポケモンたちの救助依頼が届く「ペリッパーれんらくじょ」、冒険に役立つどうぐが並ぶ「カクレオンのお店」、救助隊の仲間を増やすことができる「プクリンのともだちサークル」など、この他にもたくさんのポケモンたちがあなたの冒険を助けてくれます。また、ひろばのはずれには、あなたが暮らす「きゅうじょきち」があります。 ダンジョンの途中で倒れてしまうと、どうぐやお金を失い、ダンジョンの入り口まで戻されます。ただし、他の「ポケモン不思議のダンジョン」ソフトと通信したりパスワードを利用することで他のソフトの救助隊に救助してもらうことができます。救助してもらうと、ダンジョン内で倒れる前の状態に戻ることができます。