プレイヤーが「ショーグン」となり、ストーリーに沿って面を進めていくモードです。 前作にあった「サクセンルーム」でのチュートリアルは、今作ではキャンペーン中に組み込まれています。キャンペーンの前半部分にてシミュレーションゲームのルールや遊び方を、実際に遊びながら丁寧に教えてもらえます。キャンペーン中に使用できるショーグンの種類は、前作より大幅に増えています。基本的には面ごとに使用するショーグンは決まっていますが、中には使用するショーグンを選択できる面もあります。 いかに早く効率よくクリアできるか、攻略後評価される点数を競う面クリア型モードです。 ショーグン１人でプレイするか、タッグプレイを行うか、フォースのオン・オフが選択できます。フォースを使用しない方がクリアした時もらえるポイントは高くなります。 １〜４人まで遊べる対戦モードです。 プレイヤー同士で同盟が組めるので、１対３や２対２の対戦も可能です。 ■ノーマルバトル 前作までと同じ１マップでのプレイが楽しめます。 ■ＤＳバトル メインマップとサブマップを選び２画面でのプレイが楽しめます。 制限された条件の中で何面まで先に進めるかを競うマップです。 ■マネー 決められた資金を使って出来るだけ少ない出費でクリアしてゆくモードです。 ■ターン 決められたターン内でどれだけ少ないターンでクリアできるか競うモードです。 ■タイム 決められた時間内でどれだけ早くマップをクリアできるか競うモードです。 タッチパネルを使ったシューティングゲームです。 十字キーでユニットの移動、タッチした方向へ弾を撃ちます。ツーシンモードでは通常対戦の他に、ダウンロードによる対戦も可能です。 キャンペーン、トライアルモード、サバイバルモード、コンバットモードでもらえるＷＰ(ウォーズポイント)を貯めることによって新マップなどを購入することができます。 ゲームの各種記録を見ることができます。 条件を満たしていくと、メダルが表示されていきます。 全部集めることができるでしょうか？ ■ノーマルバトル（〜４人） 対戦する人数分のニンテンドーＤＳと人数分のカードで通信対戦ができます。 ■ＤＳバトル（２人） 対戦する人数分のニンテンドーＤＳと人数分のカードで通信対戦ができます。２画面マップ対戦の対戦で、メイン画面、サブ画面は、ＤＳマップ以外にも既存のマップから自由に選択が出来ます。数え切れない程のバリエーションが出来上がります。 ■マップトレード マップデザインで作成したマップを通信交換することができます。 ■コンバット（８人） 対戦する人数分のニンテンドーＤＳでコンバットモードの通信対戦ができます。 ■ダウンロード コンバットモードのデータを送信します。(対戦も１人用も可能です) ■メッセージ 通信対戦中、他のプレイヤーに送るメッセージ内容とメッセージのキー割り当てを設定します。 ゲームのサウンドを聴くことができます。 キャンペーンクリア後にウォーズショップで買うと表示され、サウンドリストから曲名をタッチするとサウンドが流れます。 キャンペーンクリア後にウォーズショップで買うと表示され、ゲーム中のグラフィックが見られます。イラストを切り替えたり、「R･INFO」ボタンで表示物を消せます。 ■ショーグン ショーグンのカラーを変更することができます。8種のカラーから選択します。(ショップで購入することが可能です) ■マップ マップをエディットしたり、エディットしたマップにユニットを配置したりできます。作ったマップはＣＰと対戦できるのはもちろん、友達との対戦や、友達とマップの交換もできます。 ■ディスプレイ メニュー画面などでの背景(壁紙)を変更することができます。 ゲームの紹介 ｜ モードの紹介 ｜ 登場人物の紹介 ｜　ユニットの紹介