ポケモン不思議のダンジョン空の探検隊：ストーリー

そして目の前には１匹のポケモンが……しかし……ポ、ポケモンがしゃべってる!? ニンゲンじゃないのに!?するとポケモンは笑いながらこう言った。「しゃべれる？アタリマエだろ？だってキミも、ポケモンじゃないか？」

記憶をなくした事実、ニンゲンからポケモンになった謎……真実を求め、助けてくれたポケモンと探検隊を結成して、プクリンが親方となってとりしきるギルドに弟子入りすることに。

たくさんの困難を乗り越え、キミとパートナーは探検隊として成長していく。

そして、キミとパートナーを待ち受けるものとは……？時と闇を超えた遥か空の彼方に、新たな運命が待っている！