対戦するトレーナーが、それぞれポケモンを２体ずつ出し合い、計４体でのバトルが可能。
今まで以上にポケモンとポケモンが使うわざのタイプとの相性を理解する必要があり、戦略性が高くなった！

生まれつき「とくせい」と呼ばれる能力を持っているポケモンが登場！ バトルの際にプレイヤーが指示をしなくても自然と発揮される能力で、多彩な戦術が使えることになる。
ただし、ときには「とくせい」によって不利な状況になることもあるらしい。

ポケモンをいかに大切に育てたかが問われる「ポケモンコンテスト」が開催される。
「かっこよさ」や「うつくしさ」など、ポケモンのコンディションを５つのカテゴリーで競うもので、バトルの育て方とは違う要素も必要になり、冒険の合間にはコンテストのためにポケモンを育てる楽しみも加わる。

冒険をサポートする心強いどうぐ、ポケモンナビゲーター、略して「ポケナビ」。その機能のひとつがコンテスト用のコンディションチェックだ。てもちのポケモンだけでなく、預けているポケモンも調べられるスグレモノ。
またポケモンのコンディションを上げるには、「ポロック」というポケモンが食べるお菓子を上手に使うことが重要らしい。