J.K.ローリングが描く世界的なベストセラー小説の続編「ハリー・ポッターと秘密の部屋」のストーリーや世界観を忠実に再現し、さらにゲームオリジナルの要素を盛り込みました。プレイヤーは「ハリー・ポッター」となって、新たな冒険やミステリーに出会うことになります。１年ぶりに再会するハリーは果たしてどれだけ成長しているでしょう。ホグワーツ魔法魔術学校の新学期が始まります。

２年生になったハリーは、屋敷しもべ妖精ドビーから「ホグワーツに戻れば災難が降りかかるであろう」と忠告される。忠告を無視して学校に向かったハリーだが、ドビーの言ったとおり次から次へと学校中を震え上がらせる事件に巻き込まれてしまう。学校を恐怖に陥れている事件の犯人は？　さらに「秘密の部屋の伝説」とはいったい？　親友のロンやハーマイオニーと共に迫り来る困難に打ち勝ち、「秘密の部屋」の謎を解き明かそう。

ウィーズリー家の庭を魔法「庭小人駆除」で庭小人から守ったり、ロックハート教授の「決闘クラブ」で他の生徒と対決したりと、楽しいミニゲームも満載。さらに今作では一度遊んだミニゲームを何度でも楽しむことができます。

前作ではあまり聞くことができなかったハリー・ポッターの声を、今作では、「心の声」として存分に聞くことができます。さらに嘆きのマートルと会話をしたり、ダイアゴン横丁で買い物をしたり、複雑怪奇なホグワーツ魔法魔術学校を探索したりと、ハリー・ポッターの世界を自由に楽しむことができます。

リアルなグラフィックとスムーズな動き。ゲームキューブならではの高機能を活かしてディテールまで再現されたハリー・ポッターの世界を、存分に冒険することができます。
徹底的に原作の『ハリー・ポッターと秘密の部屋』のストーリーにこだわったストーリー展開。プレイヤーは主人公のハリー・ポッターになって、ホグワーツ魔法魔術学校で巻き起こる謎に満ちた事件を解決します。
クィディッチ、決闘クラブなど、手に汗握る要素を満載。頭の中で想像していたダイアゴン横丁や、暴れ柳との格闘を体験することができます。
お馴染みの登場人物に加えて、原作同様に新しいキャラクターたちも登場。どのキャラクターも、顔の動きも含めたアニメーションによって、映画のような魅力的な表現で動き回ります。
前作から引き続いてのお馴染みのキャラクターや、原作にも登場する新キャラクターなどは、劇場版の吹替をしのぐ超豪華声優陣によって華やかに演じられています。
また、ＧＢＡケーブルでゲームボーイアドバンスに接続すると、ゲームキューブだけの新しいステージが出現します。