この世のどこかに存在するという、伝説の島“カイジュウ島”。そこは、永い間“マブー”と呼ばれる神官たちが創造した“カイジュウ”達が住む平和な島であった。
ところがある日、人間界の負のパワーをエネルギー源とする闇の魔王“ブラックイービル”が現れ、島内をほぼ制圧し占領してしまった! このままでは島は完全にブラックイービルのものとなり、間違いなく人間界にもその影響が及ぶのは必至。そうなれば、人々は希望を失い、深い闇に閉ざされた暗黒の時代がやってくるのだ…。
プレイヤーは人間界を救う11才の少年（少女）として、“カイジュウ島”に派遣されます。清らかな人間の心から生まれるカイジュウたちを使って“ブラックイービル”の支配からカイジュウ島を救うのがゲームの目的です。
本作では新機能“カイジュウエディタ”により、誰でも簡単にプロ顔負けのカイジュウを作成することができます。作成したオリジナルカイジュウを使ってストーリー内に登場する数多くのアクションステージをクリアしていきます。

作成したオリジナルモンスターは“カイジュウカード（デジタルカード）”にしてゲームボーイアドバンスに転送できます。これにより、カイジュウを友達と見せ合ったり、１人〜最大４人までプレイ可能なゲームで、アドバンスでしか手に入らないアイテムをゲットすることが可能です。
これらはゲームキューブに転送してストーリーモードで使用することができ、カイジュウの装飾やパワーアップに活用できます。

絵心がないので、オリジナルのカイジュウを作るのって大変じゃない？と思うかもしれませんが、心配はご無用。3Dモデルの自動生成技術※により、誰でも簡単にカイジュウを作成することができます。
まず、ヒト型、恐竜型などの骨格を選び、自由に輪郭を描きます（肉づけ）。
次に、用意された様々な模様（テクスチャ）の中から好みのものを選びます。
最後に、“目”、“ツノ”などのパーツで、カイジュウをドレスアップ。
たったこれだけの操作で、“カイジュウエディタ”が自動的にカッコよく立体化してくれます。出来上がったカイジュウは、メモリーカードを使って友達と交換することもできます。

※この3Dモデル自動生成に関する技術（カイジュウエディタ）は東京大学の五十嵐健夫講師が発明し、同大学の技術移転機関である「株式会社 先端科学技術インキュベーションセンター」によって運用されている“Teddy（テディ）”という新技術をベースに、同講師の協力のもと当社がそれに改良を施したものであり、株式会社セガは同社と同技術に関するゲームソフトにおける独占ライセンス契約を締結しています。