惑星ラグオルで起こった「事件」も今ではごく一部で語られるのみに。
あれから二十数年の歳月が流れ、人々はいまだラグオルに降りることなく、宇宙船「パイオニア２」内で生活し、生涯を閉じることに慣れ始めていた。
その裏では、ラグオルへの都市化計画とそれにかかわる利権争いが、新総監府の水面下で激しく行なわれているとも知らずに。
ラグオルの衛星軌道上に浮かびながらも「パイオニア２」は新たな道を模索していた・・・
エピソード１から「ファンタシースターオンライン」の舞台となっていたラグオルでのストーリーが、このエピソード３でいよいよ結末を迎えます。

「ファンタシースターオンライン　エピソード３　カードレボリューション（以下、ＰＳＯ ＥＰ３）」はこれまでのＰＳＯシリーズ登場のアイテムやエネミーを含む、４００種類以上のカードを収録し、ＰＳＯの世界観をそのままにカードゲームの新しい遊びを提案します。
１対１が一般的なカードゲームにおいて、このＰＳＯ ＥＰ３では２対２や２対ＣＰＵといった協力攻撃による対戦を行なうこともできます。カードを収集し、デッキを組んで戦う従来のカードゲームの遊びかたに、オンラインを通じ、チャットをしながら味方の援護やダメージの回復といったＰＳＯならではの協力プレイの面白さを加えた、カードゲームとしては全く新しい「協力型カードゲーム」がＰＳＯの世界をさらに広げます。

プレイヤーは、国家機関ハンターズギルドに所属する「ハンターズ」、もしくはパイオニア２を掌握する総監府に対する新興勢力である「アークズ」の組織の指揮官としてゲームに登場します。
プレイヤーは自分の部下となるストーリーキャラクターごとに、カードを編集してデッキを組みます。ハンターズのキャラクターにはアイテムのカード、アークズのキャラクターにはエネミーのカードが有効です。
オフラインのメインモードである「シナリオモード」では、ヒーローズ、アークズそれぞれの異なる物語が進行していきます。プレイヤーは２つの側面から、惑星ラグオルの謎を解明していくのです。

ＰＳＯ ＥＰ３はＧＣ版「ファンタシースターオンライン　エピソード１＆２」シリーズとビジュアルロビーを共有することができます。異なる形態のゲームを遊びながらも、ＰＳＯという共通の世界を、同じビジュアルロビーで多くのユーザー同士が語り合うことができるのです。
また、ＰＳＯ ＥＰ３のオンラインには観戦のシステムが導入され、ひとつの試合を最大１００人が同時に観戦することができます。 オンラインでますます広がるＰＳＯのコミュニティ。ここにまた、仲間との出会いという新たなストーリーが始まります。