主人公は冒険の途中で、『ポケットモンスター オメガルビー』ではマグマ団、『ポケットモンスター アルファサファイア』ではアクア団と対決することになる！彼らは何者なのか？ その目的とは…!?
マグマ団は、人類の更なる進化・発展のために大地を広げようとたくらむ組織。人類とポケモンの共存は、人類の発展を遅らせると考えている!
アクア団は、人間によって失われたポケモンの居場所を取り戻すため、海を広げようとたくらむ組織。海を取り戻すことによって、ポケモンたちの理想郷をつくろうと考えている！
マグマ団は大地を、アクア団は海を広げることをめざしている。
それぞれの組織の理想のために、伝説のポケモン、グラードン・カイオーガの力を利用しようと狙っているのだ！
