自称天才からくり発明家「伊賀の物知りじいさん」がタイムマシンを発明した！ じいさんは、からくり忍者のサスケに留守を任せ、 さっそく大江戸はぐれ町のゴエモンの家で、タイムマシンの実験を始める。 「まず手始めに未来のギャルの様子を見に行くぞぃ」 じいさんはそう言い残し、ゴエモン達の目の前から消えてしまった。 「うひょー成功じゃ、みんな見とるかーっ？」 おおっ、ギャルじゃ！未来のギャルじゃ！」 ゴエモン達にモニターの中で狂喜乱舞しているじいさんの姿が見える。 「……ったく、じいさんのスケベぶりにも困ったもんだ……」 ところがそのとき、おみっちゃんが叫んだ。 「キャー、スケベじじ……いや……おじいさんが！」 モニターの中では、じいさんが何者かに捕まり、もがいている。 現れたのは、エビス丸そっくりの謎の人物！ 「おーほほほほっ、あたしの名はシスタービスマル ザンス！ このじいさんはあたしがちょーだいするザンス！ これが夢の……タイムマシン ザンスか！ すごいザンスーッ！ 思わぬ収穫ができたザンス。 これで重禄兵衛様も大喜びに違いないザンスよーっ！」 エビス丸そっくりの奴は、そう言うとさっさとその場を立ち去っていった。 「ゴ、ゴエモンよ！ 伊賀へ……サスケのもとへゆくのじゃ……」 じいさんはそう言い残し、怪しい連中に連れ去られてしまったのだった……。 はてさて、伊賀の物知りじいさんの運命はいかに……？ 未来で現れたシスタービスマル、重禄兵衛とは何者か？ ゴエモン、エビス丸は、この一大事を無事解決できるのだろうか？ 『がんばれゴエモン3 獅子重禄兵衛のからくり卍固め』 はじまり、はじまり〜っ。