宇宙暦2901年。ドンブリ島は平和な毎日が続いていた。 それは、100年前の"ツインビー、ウインビー対スパイス大王の死闘"が、ウソと思える毎日だった。 そんなある日、シナモン博士は目覚めた。 ツインビーたちの生みの親である博士は、スパイス大王をたおしたあと、 その優秀な頭脳を休めるため、100年間の冷凍睡眠に入っていたのだ。 「ドンブリ島に、何かが起こる！？」 休養十分、とぎすまされた博士の頭脳は恐ろしい予感をキャッチした。 だが、かつてツインビー、ウインビーを操り、 スパイス大王と戦った勇敢な2人の息子も今は亡く、 歴史は、その孫である2人の男の子と1人の女の子、 つまり博士の"ひ孫の時代"になっていた。 「わしのかわいいひ孫たちよ。このドンブリ島を守るため、力をあわせて戦っておくれ」 と博士は思った。

ずっとイヤな予感がしていた博士は、3人のひ孫たちのために、 ツインビー、ウインビー、そして新たにグインビーの3機の戦闘機をつくりあげた！ と、そのとき、博士の研究所が大きくゆれた！ 「わっはっはっは！　博士、おまえのその優れた頭脳を悪のために使ってやる！」 「スパイス大王のうらみをこめて、今度は孫の私・ガトランティスが相手だ！」 無残にも、研究所は爆破され、博士は円盤で連れ去られてしまった！ シナモン博士を救え！ 3人の小さなひ孫たちは、それぞれ、ツインビー、ウインビー、グインビーに乗りこみ、 非道なガトランティス軍に、たちむかっていった！