物語は、ミシロタウンに研究所をかまえるポケモンはかせ・オダマキとの出会いから始まります。オダマキを助けたことが、主人公とパートナーのポケモンの絆が生まれるきっかけになります。

『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』それぞれでストーリーは異なります。
『ポケットモンスター オメガルビー』では「大地を広げること」を目的とする「マグマ団」が、『ポケットモンスター アルファサファイア』では「海を広げること」を目的とする「アクア団」が、どんどん勢力を拡大し、主人公の前に立ちはだかります。

さらに、『ポケットモンスター X・Y』でも登場した「メガシンカ」の謎に迫るストーリーも繰り広げられます。

グラードン、カイオーガだけができる「真の力の覚醒」、それが「ゲンシカイキ」です。

姿かたちだけでなく、とくせいも変わります。舞台であるホウエン地方でも新たに「メガシンカ」するポケモンが登場します。

「ひみつきち」がパワーアップして、「スーパーひみつきち」となって帰ってきました。もっと自由に、ポケモンの世界であなただけの空間をつくることができます。

今作ではさらに、自分がつくった「ひみつきち」を友だちと見せ合えるだけでなく、「ひみつのなかま」を集めることもできます。
みんなで一緒に、ひみつきちライフを満喫しましょう。

冒険の舞台に「大空」が追加されます。
「そらをとぶ」が進化した「おおぞらをとぶ」で、ポケモンの背中に乗ってホウエン地方上空を自由に飛び回ることができます。
途中でバトルが発生することも。

「おおぞらをとぶ」では、「マボロシのばしょ」に行けるようにもなり、その中には過去作の伝説のポケモンたちと出会える場所があります。
「マボロシのばしょ」のほかにも、伝説のポケモンと出会う場所はさまざま。
『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』と『ポケットモンスター X・Y』があれば、これまでの『ポケットモンスター』シリーズに登場したすべての伝説のポケモンを集めることができます。

冒険をサポートしてくれるナビゲーションシステム4種類が、ニンテンドー3DSの下画面から確認できるようになります。

ストーリーを進めていくともらえる「おきがえピカチュウ」は、テーマに沿った衣装に着替えることができます。

ポケモンの魅力を競う「ポケモンコンテストライブ！」に出場できるだけでなく、バトルやポケパルレも着替えたピカチュウの姿で楽しむことができます。
また、5種類の「おきがえピカチュウ」は、それぞれ固有のわざを使うことができます。