他の生物に取りつき、エネルギーを吸いつくしてしまう恐ろしい生命体「メトロイド」。宇宙海賊に奪われたメトロイドを取り戻すため、宇宙戦士サムス・アランは宇宙海賊の本拠地「要塞惑星ゼーベス」へ向かいます。ゼーベスの各部屋に隠されたアイテムを手に入れ、武器やパワードスーツの能力を強化し、要塞の中心・マザーブレインへと立ち向かうアクションゲーム。