マルスが暗黒竜メディウスを倒した「暗黒戦争」から、約一年。
オレルアンの英雄ハーディンはアカネイアの王女ニーナと、アリティア王国へ戻ったマルスはシーダ姫との婚約をそれぞれ発表する。戦争で荒廃した祖国を再建すべく人々は立ち上がり、ようやく世界は、平和を取り戻したかのように見えた。
ある日、婚礼を控えたマルスのもとへ、ハーディンからの書簡が届く。それはグルニア王国の反乱軍を討伐せよという命令だった。しかもそれを率いるのは、かつて暗黒戦争を共に戦った盟友ロレンスであるという。盟主国であるアカネイアに忠誠を誓うマルスは、疑問を持ちつつも兵を挙げる。
のちに「英雄戦争」と呼ばれる、長い戦乱の幕開けであった。

『暗黒竜と光の剣』のリファインとなる「暗黒戦争編」と、その続編となる「英雄戦争編」の二部構成で収録。本作から命中率や回避率などが上がる支援効果が導入され、踊り子など新職業も複数登場。騎乗ユニットは屋内では必ず下馬するシステムに変更された。