『封印の剣』からさかのぼること約二十年前。
エレブ大陸東部に広がるサカ草原に生きるロルカ族長の娘リンは、行き倒れの旅人を助ける。ふたりは、いろいろと語り合ううちに、共に旅に出ることになった。山賊に部族を襲われ、両親も亡くしてしまったリンは「1人前の剣士」に、そして旅人は「1人前の軍師」になるために。
一方、大陸南部に勢力を持つリキア地方では、リキア同盟の一領主、フェレ侯エルバートが謎の失踪を遂げていた。エルバートの嫡子エリウッドは、親友のオスティア侯弟ヘクトルとともに父の捜索を開始。その旅の中で、エリウッドはリキア同盟を瓦解させるようとする陰謀と、その背後で蠢く「黒い牙」と呼ばれる暗殺組織の存在を知る。黒い牙に追われる謎の姉弟との出会いを契機に、彼らは竜の力を巡る暗闘へと巻き込まれていく。

本作では、プレイヤーが軍師となる新システムを搭載。プレイヤーの分身となる軍師を設定し、主人公たちの戦いを補佐できるようになった。