ここは動物たちの島、ヨッシーアイランド。自然が豊かで、いろんな動物たちがヨッシーやその仲間たちと仲良く暮らしています。この島にはずーっと昔から伝わる言い伝えがありました。「この島に災いが起こるとき、神のちからを得たドラゴンが島を救うだろう。」もう今ではほとんど話されることもなくなりましたが、このドラゴンとは、実はヨッシーのことなのです。ヨッシーは島の平和の使者として、昔から活躍してきたのです。そして、平和になったこの島で、仲間たちとのんびり楽しく暮らしていました。ところがある日、平和なこの世界にどこからともなく大魔王クッパがやって来て、悪さを始めました。動物たちをいじめたり、島を荒しまわったり、もう、やりたいほうだい！おまけに、仲良しの動物たちに悪いまほうをかけて、おたがいがけんかをするようにしてしまったのです。「このままじゃ、ヨッシーアイランドが大魔王クッパにとられてしまう。ヨッシーよ、このちからで島を救うのじゃ！」島の守り神が現れ、仲間のヨッシーたちの中で唯一、クッパのまほうからのがれたヨッシーにふしぎなちからを与えてくれました。こうしてヨッシーは、仲間を助けるために大魔王クッパに立ち向かっていくのでした。
