キノコ達の住む平和な王国に、
ある日、強力な魔法を操る
大ガメクッパの一族が侵略して来ました。
おとなしいキノコ一族は、
皆その魔力によって
岩やレンガ、
つくし等に姿を変えられてしまい、
キノコ王国は亡びてしまったのです。

このキノコ達の魔法を解き、
よみがえらす事ができるのは
キノコ王国のお姫様ピーチ姫だけ。
彼女は今、大魔王クッパの手中にあります。

マリオは、カメ一族を倒して
ピーチ姫を救出し、
再び平和なキノコ王国を築くために
立ち上がりました。