ピーチ姫から手紙を受け取ったマリオが城に着くと、そこは、妙に静まり返っていた。城の中へと踏み込むと、どこからともなくクッパの笑い声が響きわたる。絵画の中の世界を舞台に、捕らわれたピーチ姫を救い出すための冒険が始まる。

NINTENDO 64本体と同時に発売されたスーパーマリオシリーズ初の３Ｄアクションゲーム。自由自在に動き回ることができる３Ｄの箱庭世界を舞台にマリオが大冒険。３Ｄスティックを存分に活かした遊びは、のちのスーパーマリオシリーズにも大きな影響を与えた。