恐るべき寄生擬態生物「X」生存の真偽を確認するために、
惑星「ZDR」に派遣された銀河連邦の特殊調査部隊が消息を絶った。
その未踏の地に赴いた銀河最強のバウンティハンター「サムス・アラン」。
そこで彼女を待ち受けていたものは、絶望的な恐怖だった^……。

「メトロイド」シリーズは2Dスクロールの探索アクションゲーム。
特殊なアクションの操作方法はゲーム中に説明が入り、
プレイをしながら覚えることができる。

倒した方向に走行する。下を一回入力するとしゃがむことができる。

サムスのアームキャノンが向いている方向に連射可能なビームを射出。

サムスのアームキャノンが向いている方向に強力なミサイルを発射。残り弾数は画面左上に表示されており、敵を倒して出現する回復アイテムなどで補充することができる。

Lスティックを左右に入力しながらBを押すと回転ジャンプとなる。ジャンプ中や落下中、地形の角に接触する際にLスティックをその方向に入力していると、角をつかむことができる。

狭い通路を通り抜ける。

敵の攻撃の隙をつきスタン状態にさせる。カウンターに成功すると強力な追撃が可能。カウンターができる場合は、敵がピカッと光るためタイミングが重要。ジャンプ中、スライディング中、しゃがみながら、走りながらなどさまざまな状態から繰り出せる。

走りながらのメレーカウンターは強力な「ダッシュメレー」となる。一気に距離を詰めてのアグレッシブなカウンターができるだけではなく、他のメレーカウンターとは異なり、敵にダメージも与えられる。

その場にとどまり360°自由に射撃が可能。走行中進行方向の斜め上、斜め下に入力すると走りながらその方向に射撃することもできる（ランニングフリーエイム）。

壁を蹴り上げ、さらに上へジャンプ。

「メトロイド」シリーズは「探索アクション」というゲームジャンル。
その名のとおり、広大なステージを探索しながら先に進んでいくゲームで、自分が探索しているルートが確認できるようになっており、
「マップ」の使い方が非常に重要となる。マップ画面は、＋ボタンを押すことで開くことができる。

アイコンにカーソルを合わせるとアイコンの名前が表示される。

アイコンにカーソルを合わせた状態でYを押すとそのアイコンがロックされ、同種のアイコンがマップ上でハイライトされる。

マップで点滅している箇所は、その範囲内にアイテムが隠れていることを示している。

マップステーションでデータをダウンロードすると、そのエリアの形状や部屋の位置がマップで確認できるようになる。

ZDRに隠されたさまざまな仕掛けを発見することで、
新たなルートが開拓でき、移動できる範囲を拡張していく。

ビームで壊すことのできるブロック。

ミサイルで壊すことのできるブロック。

ランプが黄色く点灯している。ビームで開くことのできるゲート。

黄色いランプが明滅している。チャージビームでないと開くことができないゲート。

アクセスすることでアダムと通信し、現在の探索状況を聞くことができる。また、セーブ施設としても機能する。

銀河連邦による調査用ロボット「E.M.M.I.」。
「E.M.M.I.ゾーン」と呼ばれる限られたエリア内をパトロールしており、
サムスを視認すると捕獲するため執拗に追跡する。
ビームやミサイルは一切効かず、捕まってしまうと命はない^……。

サムスの発する音を検知する。

視認されてしまうと高速で追跡してくる。

捕まってしまうと抜け出すことはほぼ不可能。
ピカッと光ったジャストタイミングでXを押すと脱出できるが、非常にシビアで狙って成功させるのは不可能に近い。

「E.M.M.I.ゾーンゲート」と呼ばれる、E.M.M.I.ゾーンと外界とを遮断するゲートの外には出てくることはない。

通常攻撃は一切効かず、特殊な条件で使用可能となる「オメガキャノン」での攻撃のみ有効。