暴力集団マッドギアの壊滅から数年後のメトロシティ。巨大な悪の組織の崩壊により街は平和をとり戻していた。 だが同時に悪を束ねていた力も一挙に失われたため、わずかずつではあったが街が乱れ始めていたのもまた事実であった。 中でも最近になり、急速に力をつけてきたマッドギアの元下部組織「スカルクロス」の存在は市民に新たな不安と恐怖を与え始めていた。 メトロシティの市長を続けるハガーのもとに長年の修行を終えたガイが立ち寄ったのはちょうどそんな時であった。 互いの無事を確かめあう2人。 しかしその喜びの再会もつかの間、特殊警察の一員、ルシアの一報により打ち砕かれた。 謎の集団に市警と留置場が襲われているというのである。 知らせを受けたハガーは「スカルクロス」の全面侵攻が始まったことを確信し、ガイとルシアを伴って現場へと急行した。 先を急ぐハガーたちの前に謎の男が立ちふさがったのはその時であった。 彼は思わせぶりな口調で共に「スカルクロス」と戦わせて欲しいと申し出たのである。 果たして彼は敵か、味方か……！？ より激しさを増したストリートバトル！ メトロシティの命運は4人のファイターの拳にゆだねられた！