町や村では、ゴエモンたちの旅の助けとなるお店があります。「こばん」を使って買い物をしたり、宿屋に泊まることができます。上下で品物を選び、を押すと購入します。

体力、忍術を最大値まで回復できます。場所によって必要なお金が異なります。

死んでしまったキャラクターを復活させたり、毒を取り除いてくれます。キャラクターの位によって必要なお金が異なります。

キセル、笛などの武器を購入できます。武器屋で買える一部の武器を紹介します。

身を守る防具を購入できます。防具屋で買える一部の防具を紹介します。

おにぎり、がんやくなどの道具を購入できます。いらなくなった道具を売ることができます。

めし屋や船着場など、さまざまなお店を利用できます。