かつて4人の兄弟たちが1つに並んだとき、そこに光と闇のカオスが生まれ、最初の審判が下された。 そして、そこからすべてが始まったのだ。

───惑星グラディウス史記I より

メタリオン星系第一番惑星・グラディウス。 それは大いなる海と緑を持つ美しい惑星である。 かつてのバクテリアン星団との壮絶な戦いも、今でははるかな過去のものとなり、歴戦の勇士ビックバイパーですらその翼を休め、永遠の眠りについたかに見えたが……。 グラディウスを含む4つの惑星が、10000年に一度の惑星直列を迎えたとき、すべてが始まった。 4つの惑星の中心に出現した暗黒のガス雲により、周囲のスペースプラントは燃えさかり、そして謎の部隊「ゴーファー」によるグラディウスへの攻撃が始まった。