『探偵神宮寺三郎　時の過ぎゆくままに…』は、「探偵神宮寺三郎」シリーズの第4弾として1990年9月28日に発売されました。 探偵・神宮寺三郎や助手の御苑洋子となって、1年前に起きた事件を回想形式で捜査します。

ある日、新宿中央公園で1匹の犬を見かけた神宮寺は、昔の記憶を思い出す。 付き合いの長い熊野警部が、なかば無理矢理に預けてきた元警察犬の「ズタ」と、 頼れるアシスタント、洋子が歌舞伎町で見つけた迷子の少年「健一」。 時の流れは記憶をセピア色に変えたものの、 少年と犬が残してくれた思い出はいまだ変わらない……。 新宿中央公園で偶然出会った熊野警部に、 神宮寺は1年前に解決したある事件について語り始める……。

このゲームは、神宮寺が熊野警部に1年前の事件を語る「現在」と、1年前にさかのぼってその事件を捜査する「過去」の2つで構成されています。なお、過去のシーンではゲーム画面がセピア色になります。

過去のシーンでは、神宮寺と洋子の2人の視点が切り替わりながら進みます。神宮寺はある一家から盗まれた絵画を、洋子は迷子の少年「健一」の母親を捜索します。2つのパートは、物語が進むと自動的に切り替わります。