東京に住む、高校生の中島朱実。 天才プログラマーでもある彼は、悪魔召喚プログラムを作りあげることに成功した。 しかしその実験により、魔王ロキやセトが実体化してしまう。実体を得た彼らは、召喚者である中島にも襲いかかった。 その危機から彼を救った、転校生の白鷺弓子。 不思議な力をもつ彼女は日本神話の神、イザナミの転生した姿だったのだ。 中島と弓子の協力により悪魔は敗れ、平和が戻ったかのようにみえた。 だが、それで終わりではなかった。 もとは美しい天使でありながら地獄に堕とされた悪魔、大魔王ルシファーが人間界の征服をたくらんでいたのだ。

飛鳥に忽然とあらわれた大魔宮…… それはイザナミの墓とされる白鷺塚の真上にあった。 イザナミは、その強大な力を恐れるルシファーによって、彼女の眠っていた玄室ごと魔宮内に閉じ込められてしまったのだ。 イザナミを救うため、またルシファーによって蘇ったロキとセト、そしてルシファー自身を倒すために中島と弓子は大魔宮へと足を踏み入れる。 果たして彼らは、再び地上へと戻ってこられるのだろうか……？

2036年……東京。 2人の少年たちがRPGに熱中している。誰によって作られたのか、なぜか引き込まれるそのゲームの名は「デビルバスター」。しかしクリア直前の少年の目の前で、突然モニターがまばゆい光を放ち始めた…… 20世紀末の最終戦争。それは東京から平和と繁栄を奪ってしまった。 一発の新型爆弾の投下により、地下シェルターにのがれた一握りの人々を除いて東京はほぼ全滅の状態になってしまう。しかしそれは、爆弾による直接の被害のためだけではなかった。爆弾が生みだしたと思われる次元の裂け目から、悪魔たちが這いだしてきたのだ。 悪魔は1980年代に一度、東京および飛鳥で確認されたことがあった。しかしそれは短期間であって、その後確認されなくなったのだった。

悪魔に対する恐怖感から、地上は大混乱に陥った。 が、そんな混乱とは無縁の世界もあった。 京浜第三シェルター。 地下150メートルに造られたこのシェルターの中では、食糧が少なくなり始めたとはいえ、選ばれた少数の人々が安全に暮らしていた。 そう、「デビルバスター」の封印が解かれた、その日の午後までは……