『マリオゴルフ64』には、たくさんのプレイモードが用意されています。ここでは、各モードの基本的なルールを説明します。

コースを選び、ホールを順番にプレイして、ライバルたちと総合スコアを競うモードです。 なお、このモードでは、各ホールでバーディ以内のスコアを出すと、「バーディバッジ」がもらえます。バッジを集めると、隠しキャラクターが登場します。

対戦相手のキャラクターを選び、1対1で対戦します。シルエットで表示されたキャラクターに勝利すると、そのキャラクターをトーナメントやキャラゲットなどでプレイヤーキャラクターとして選べるようになります。

ホール内にセットされたリングにボールを通し、そのホールを規定打数以内でクリアしましょう。ホールをクリアするとスターが手に入り、一定数のスターを集めると、次のコースで遊べるようになります。

プレイ開始と同時にタイムカウントが始まります。できるだけ短い時間でコースを回りましょう。18ホールすべてのプレイを終了した時点のタイムとスコアを競います。よい成績を残せば、その記録はセーブされます。1ホールごとのクリアタイムの合計が最終成績となります。

コースを選び、ホールを順番にプレイしてスコアを競います。

壁に囲まれた専用のコースを使い、パッティングでのみプレイするモードです。コースセレクト画面では、左右でコースを、上下でボールの転がる速度を決めてください（FAST…速度が速い、GREEN…普通の速度、SLOW…速度が遅い）。 なお、このモードは1ホールを9打数以内でクリアできないとギブアップになります。

好きなコースとホールを選び、自由にショットやパッティングの練習をすることができます。なお、ポーズメニューで天候や風力などを変更することもできます。

コースを回り、各ホールで打数が少ないプレイヤーがポイントを獲得します。なお、負けているプレイヤーが残りすべてのホールで勝っても追いつけなくなった時点でプレイ終了となります。

マッチプレイと同じく、各ホールでもっとも打数が少ないプレイヤーがポイントを獲得します。最少打数のプレイヤーが複数いる場合は、ポイントが次のホールに持ち越されます。なお、このモードでは、コースをすべて回り終えるまで、ゲームは終了しません。

スキンズマッチと同じ形式の対戦ですが、このモードでは各プレイヤーが使用するクラブを、ホール開始時にスロットマシンで決定します。を押してスロットを止めてください。 スロットは左のドラムでウッド系のクラブ、中央のドラムでロングアイアン、右のドラムでショートアイアンのクラブを決定します。なお☆が3つそろうと、すべてのクラブを使えます。