美しい輝きを放つ水の惑星ラティス、そこには昔から語り継がれている“炎の予言”があった。 「千光年の彼方より、炎の海に生まれすむ巨大な龍が目覚めしとき、 狂気のフォースが迫り来て天地は闇にのみ込まれ、やがて光は打ち砕ける。」 巨大な勢力で侵略を続けるバクテリアン星団、 その精鋭戦隊サラマンダ軍の侵攻がここラティスに始まった。 サラマンダ軍の究極生命システマイザー「ゼロスフォース」に吸収され、 今や惑星生命体と化したラティスには、もはや反撃のすべはなかった。 この惑星の王子ロードブリティッシュは、自らも時空間戦闘機で迎撃を試みたが、 もはやサラマンダ軍の敵ではなかった。 九死に一生を得てゼロスフォースを脱出した王子は、 かつてゼロス軍を打ち破ったと言われる惑星グラディウスに救助を求めた。 その連絡を受けたグラディウスの勇者は、 超時空間戦闘機に乗り込み、強大な支配力を持つサラマンダの母星へと飛び立った。