ある日、マリオの家に遊びに来たピーチ姫。 しかし、お花畑で花をつんでいるところを、 クッパにさらわれてしまいます。 姫をクッパの魔の手から救い出すため、 旅立つわれらがヒーロー、マリオ。 あっという間にクッパ城までたどり着き、 城の奥深くでクッパとの決戦が始まります。 見事、クッパを倒したマリオですが、 そのとき、城が大きくゆれ始めます。 なんと、空から巨大な剣が現れ、クッパ城に刺さっているのです。 一体何が起こっているのでしょうか? マリオの本当の冒険はここから始まるのでした……。