主人公は、ポケモンになったキミ！
あるとき、目を覚ますと、見たこともない森の中にいました。のどが渇いて泉で水を飲んでいると、水面に映る自分の姿が…なんと、ポケモンの子どもになっているではありませんか。もともとは人間だったこと、自分の名前など、わずかな記憶はあるのですが、それ以外のことはどうしても思い出すことができません……
コノハナとの出会い、そして「おだやか村」での暮らし
記憶を失ったままの主人公は、森の中で出会ったコノハナに助けられ、「おだやか村」のコノハナの家で暮らすことに。
コノハナ：記憶を失った主人公に出会い、自宅で面倒を見ることになる。今作では、主人公の保護者がわり。
キミだけの最高の相棒 パートナーとの出会い　コノハナの家の隣には、やがて冒険をともにするパートナーになるポケモンが住んでいます。主人公と同じとしごろのポケモンの子どもです。

パートナーと一緒にポケモンの学校へ
主人公はパートナーと一緒に「おだやか村」の学校に通うようになります。そこでは、個性豊かなクラスメイトたちと学校生活を送ります。


世界の謎を解き明かすポケモン調査団のメンバーに
パートナーには、都会にある「ポケモン調査団」に入って世界地図をつくる夢が！

夢をかなえるために「おだやか村」からの旅立ち
主人公とパートナーは夢をかなえるため、おだやか村を出て、ワイワイタウンにあるポケモン調査団を目指すことに！世界中をかけめぐる旅がここから始まります。

石にされていく伝説・幻のポケモン！？かつてない危機がせまる
石にされたポケモンたち、平和なポケモンの世界に不穏な影がせまり、やがて星全体をまきこむ重大な危機へと発展。仲間とともにその危機に立ち向かい、この世界を救うことができるのは、主人公となったあなたです。

『ポケモン超不思議のダンジョン』で繰り広げられる、かつてないスケールの物語

ポケモン超不思議のダンジョン