「タコツボバレー」の奥地をパトロール中だったアタリメ司令 と3号 が、オクタリアンと遭遇。
戦いの末、アタリメ司令は3号とはぐれ、オクタリアンとともにさらなる地下へと落下する。
落ちた先は「ネル社」と呼ばれる謎の会社が運営する「深海メトロ」。
そこでアタリメ司令は、落下の衝撃で記憶を失ったオクタリアンを8号 と名付けて協力関係を結ぶ。
8号は地上を目指すため「深海メトロ」を探索。「ネル社」が用意したさまざまな実験施設を突破していく。
同じ頃、地上では「テンタクルズ」がアタリメ司令の通信機を発見。
司令と連絡を取りながら、イイダ の技術力を生かしたハッキングとヒメ の応援により、8号を手助けする。
少しずつ地上へと近づく8号とアタリメ司令。
道中、3号が「ネル社」に意識を乗っ取られて襲い掛かるも、8号は激闘の末に撃破する。
最後に立ちはだかったのは、「ネル社」の黒幕であるタルタル総帥。
人間を模した巨大なネルス像で8号たちを襲うが、ヒメのセンパイキャノンをはじめとする「テンタクルズ」の協力もあり、これを退ける。
さまざまな困難を乗り越え、8号たちは地上へと到達。
「ハイカラスクエア」にたどり着く。
この時期を境に、地上にやってくるタコが増加。
イカとタコの入り乱れたバトルが展開することになる。
舞台は、ハイカラなイカたちが暮らす街から移り、「バンカラ地方」へ。
そこでは急速に再開発の進む「バンカラ街」を中心に、激しいイカとタコのバトルがくり広げられていた。そして、新たなヒーローの物語も開幕。
ふしぎな1匹のコジャケを連れ日銭を稼ぐ暮らしを送っていたイカの若者は、とあるきっかけで「New!カラストンビ部隊」の3号となり、タコ軍団に立ち向かうことになる。
