ここは、南の楽園「琉球リゾート」…。 はぐれ町の福引きで当たった旅行券でゴエモンとエビス丸は、 太陽のサンサンとふりそそぐ海岸でのーんびりとリゾート気分にひたっていました。 すると、突然小さな"からくり忍者"が現れ…。 「ゴエモン殿、大変でござる大江戸城が！！」 「なんでぃ、やぶからぼうにっ！」 「あんさん、たしか伊賀の物知りじいさんとこの…。」とエビス丸。

「サスケと申すでござる。そんなことより大江戸城が大変でござるよっ！」 「なんだぁ！？ 大江戸城は"新天守閣完成記念祭り"で盛り上がっているハズじゃあ？」 「盛り上がるどころか、突然城ごと浮かび上がって祭りの見物人共々どこかへ飛んで行ってしまったでござるよ！」 「ほ、ほんまでっかぁ、だれがそないなけったいなことを？」 「どうやら、マッギネス将軍とか言う奴が天守閣の改造に見せかけて、 飛空要塞への改造計画を進めていたらしいのでござる！」 「え！ マッギネスいうたら、わてにこの旅行の招待券くれはった異人はんでっせ！」 「くっそーっ！！ くじ運の悪いエビス丸の野郎に金賞が当たるなんて、 どーもおかしいと思ったぜっ！！」 「ふっふっふ…正義の忍者のわてをだますとは…おそるべしマッギネスでんなぁ。 ぶつぶつ…（誰も聞いていない）」

「あーっ！ そういえば、おみっちゃんが"新天守閣特別ご招待券"が当たって喜んでたっけ… いかんっ、おみっちゃんがあぶない！！」 「ゴエモン殿、ひとまずじいさんの所へ急ぐでござるっ！！」 と、急ぐゴエモンとサスケ。取り残されたエビス丸はまだひとりで… 「…ぶつぶつ…　あ！！ ゴエモンはん、ちょっと待ってぇなぁ〜！！」 こうして新しい仲間も加わってゴエモン達の波乱万丈の旅が始まったのだった。