このゲームに登場するキャラクターを紹介します。

イレギュラーハンター第17部隊に所属し、同隊の隊長であったシグマの野望を阻止するために、立ち上がったレプリロイドです。

ロックマンXと同じ第17部隊に所属し、高い戦闘力を誇るレプリロイドです。シグマをイレギュラーと見なしており、ロックマンXと協力して戦います。

第13極地部隊に所属する寒冷地用レプリロイド。氷を作ったり、吹雪を降らせたりと寒さを利用した攻撃を得意とします。

第4陸上部隊の隊長を務めていたレプリロイド。巨大な体を活かした攻撃と鼻から噴射する火炎攻撃で襲いかかってきます。

第8機甲部隊の隊長を務めるレプリロイドで、鋼鉄の鎧に身を包み、高い防御力を誇っているのが特徴。その堅い鎧で回転しながら、突進攻撃をしてきます。

第7空挺部隊の隊長を務めており、空中戦艦デスログマーを率いるレプリロイドです。空中からの滑空で攻撃しつつ、強風を起こす羽ばたきと、竜巻攻撃で戦艦から落とそうとしてきます。

第9特殊部隊（レンジャー部隊）に所属するレプリロイドで、景色と同化するステルス能力に長けるハンター。姿を消しながら、森の自然を活かした攻撃をしてきます。

ロックマンXと同じ第17部隊に所属するレプリロイド。「スティング　カメリーオ」とは異なり、目に見えないほどの高速移動で、相手との間合いをつめて攻撃します。

「ブーメル　クワンガー」と同様に第17部隊に所属するレプリロイドで、電撃とパワータイプのボディから繰り出されるパンチで圧倒します。

第6艦隊に所属していたイレギュラーハンター。追尾型のミサイルを同時に発射して確実にダメージを与える攻撃を得意とします。

第17部隊に所属していたイレギュラーハンター。戦闘能力は非常に高いですが、イレギュラーと紙一重の存在だったため、拘束されていました。しかし、シグマの反乱により自由になり、ロックマンXの活動を遮ります。

イレギュラーハンターの中で最強と言われ、優れた頭脳の持ち主でもあります。ある日、レプリロイドたちに人間の抹殺を下し、ロボットだけの世界を築こうと反乱を起こした張本人です。