バルドルとの死闘から数か月後。
パレードで賑わう街に、突如として天使たちが現れ人々を襲い始める。
魔女ベヨネッタは魔界の力を駆使してこれに対抗するが、召喚した魔獣ゴモラさえもが暴走して彼女に襲いかかる。共に戦っていた魔女ジャンヌが辛うじて彼女の窮地を救うが、身代わりとなって致命傷を受け、その魂を魔界に引きずり込まれてしまった。
ジャンヌの魂を救える時間は残りわずか……。エンツォの情報を手掛かりに、ベヨネッタは魔界への扉があるという、絶界の霊峰へと向かう。
そこで彼女を待ち受けているものとは……。